La senne est un engin considéré comme sélectif. Celle-ci résulte entre autres du comportement en banc des thonidés recherchés, qui sont le plus souvent homogènes. Le repérage du poisson à vue et au sonar ainsi que le fait de ramener la capture le long du bord, permet aux pêcheurs d'éviter la capture de poissons trop petits. Par ailleurs, le poisson étant embarqué vivant (sauf incident technique), il est alors possible de remettre à l'eau vivant (et avec de bonnes chances de survie) les rares captures accidentelles d'espèces sensibles comme les requins ou les tortues. Dans le Pacifique Est où les thons sont souvent associés aux dauphins (phénomène qui n'est pas observé dans les autres océans), la méthode du "backdown" réalisée avant la formation de la poche permet aux dauphins encerclés avec la senne de s'échapper.
Par ailleurs, opérant en surface, la senne n'a pas d'impact sur les habitats marins.
La technique de la senne permet par ailleurs de ramener à bord un poisson d'excellente qualité car encore vivant. La production des surgélateurs a d'ailleurs été certifiée « Pêche Responsable » par le Bureau Veritas sur la base des critères édictés par la FAO.
Les pêcheurs de thons tropicaux coopèrent depuis de nombreuses années avec les scientifiques que ce soit pour la collecte des statistiques de pêches et d'autres données (environnementales par exemple) ou à travers les programmes de recherche de l'IRD. En effet, le secteur, très attaché au caractère durable et responsable de son exploitation des ressources thonières, est pleinement conscient que, même si les niveaux de captures accidentelles sont très faibles dans les pêcheries thonières de surface, toute amélioration de la sélectivité des engins ne peut apporter que des bénéfices : un écosystème en bonne santé est plus productif, une meilleure sélectivité des captures réduit la charge de travail et améliore la qualité du poisson mis en cale et enfin, la pratique d'une pêche responsable et respectueuse de l'environnement est le gage d'une bonne image pour le consommateur. Au-delà de ces préoccupations d'entreprise, les pêcheurs détestent le gaspillage et sont les premiers concernés par la mise en oeuvre des mesures visant à éviter les captures accidentelles. [p=paragavantliste]En 2010, deux programmes d'amélioration de la durabilité des senneurs tropicaux (appelés Contrat d'Avenir Thonier, CAT) ont été engagés :
En 2012, ces deux programmes ont été prolongés par le [link=content=cat&page=selectivite]CAT « Sélectivité »[/link] dont l'objectif est d'améliorer encore plus la sélectivité des senneurs tropicaux (évaluée par les scientifiques à moins de 5%). Plusieurs actions sont envisagées que ce soit pour réduire les captures accidentelles ou les captures de poissons sous-taille.
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